Morgenthau jun. fue un confidente cercano y amigo de Franklin D. Roosevelt. Para Roosevelt actuó como consultor de campaña en 1932.
En 1933, Morgenthau se convirtió en el Secretario de Estado en el Ministerio de Finanzas de los Estados Unidos. Al igual que Roosevelt, Morgenthau dejó de ser conservador en términos de política financiera; Sin embargo, apoyó la política de New Deal de Roosevelt. Los objetivos de su política financiera incluyeron un presupuesto estatal equilibrado y una política deflacionista, especialmente en el período de la recesión 1937/1938. Renunció a esta actitud en el segundo trimestre de 1938, ya que una mejora aún no estaba a la vista.