Von 1935 bis 1944 war Schultze als „Reichsdozentenführer“ Leiter des Nationalsozialistischen Deutschen Dozentenbundes (NSDDB), einer nach dem Führerprinzip organisierten Parteigliederung, deren Aufgabe die politische Kontrolle und ideologische Beeinflussung der Hochschullehrer und damit die Kontrolle der institutionalisierten Wissenschaft war. Wegen Amtsmissbrauch zu Ungunsten eines Parteigenossen wurde Walter Schultze im Juni 1944 durch das oberste Parteigericht der NSDAP von seinem NSDDB-Amt enthoben.
Walter Schultze machte 1935 nach Amtsantritt seine geplante Amtsführung deutlich. Zunächst ließ er alle Parteigenossen unter den Hochschullehrern erfassen. Doch für leitende Positionen genüge das Parteiabzeichen am Revers alleine nicht, dazu müsse man auch imstande sein, „Opposition an die Wand zu drücken“.
Neben der parteilichen Gesinnung, dem erkennbaren Willen und der Befähigung, die Jugend im nationalsozialistischen Geist zu erziehen, sollte vor allem die „Rassenfrage“ ein maßgeblicher Faktor im Hochschulwesen werden.
Bei seiner Einweihungsrede für die Reichsuniversität Straßburg erklärte Schultze am 23. November 1941 das „Ausmerzen“ alles „Undeutschen“ aus der „Gedankenwelt unseres Volkes“ zur Zielsetzung der Hochschule.
Wegen Verfehlungen zu Ungunsten eines Parteigenossen wurde er 1944 durch das NS-Parteigericht seines Amtes enthoben und durch „Reichsstudentenführer“ Gustav Adolf Scheel ersetzt. Scheel war ebenfalls Mediziner.